苏联入侵阿富汗令美苏冷战更加恶化。在 1984 年，一名独眼，带有一支假臂的男子来到了这个国家。知道他的人称他为 Snake。之前的身份是一名传奇雇佣兵，随着时间的流逝被人遗忘。Snake 之前曾被美国私人情报网络 Cipher 致入昏迷。和 Snake 一起的是一个叫 Ocelot 的人，Ocelot 是 Snake 的老友，当他醒后遭受攻击时救过他。

现在 Snake 的前搭档 Kazuhira Miller 被苏联在阿富汗的势力劫持。Snake 必须单人执行任务去营救 Miller，并向世界证明传奇雇佣老兵尚在人世间。

故事的第一步将是复仇之路 - Cipher，此人杀死了 Snake 当年的很多战友。另外还要卷入一场”引起整个世界混乱”的战斗。《合金装备：零点地带》中点燃的一切，在 5 里必须了结。